Hij schreef geen whodunnits, maar vertelde het verhaal vaak vanuit het perspectief van een misdadiger, in een rauwe en levensechte stijl. Ook hebben zijn romans soms meer diepgang dan in dit genre gebruikelijk is. Hij was een bewonderaar van het werk van Dostojewski.
Tijdens zijn leven had Thompson niet veel succes. De erkenning kwam pas in de jaren 80, een aantal jaren na zijn dood. In Nederland leidde zijn herontdekking tot de vertaling van The Killer Inside (Een geboren moordenaar), Pop.1280 (Pop.1280), The Getaway (De ontsnapping) en The Grifters (De zwendelaars).